O movimento para a criação de um hospital em Laguna começou em meados do século 19. Os primeiros documentos datam de 1855, demonstrando intensa atividade de pessoas influentes, com o objetivo de dotarem a cidade de uma casa de saúde. O fruto deste trabalho surgiu oficialmente em 3 de abril de 1855, quando o presidente da Província de Santa Catarina sancionou lei autorizando a criação do primeiro hospital do sul do estado, denominado São Francisco de Assis.
O termo de abertura do primeiro livro de atas, rubricado por Pedro Francisco da Silva, primeiro provedor, tem a data de 28 de setembro de 1855. Os demais membros desta primeira comissão eram: Jerônimo Coelho Neto, Antônio José da Silva, João Pacheco dos Reis (mordomo), João José da Silva Guimarães, José Francisco da Silva Pinto, José Antônio Fernandes Viana e Joaquim José Mendes Braga.
A finalidade da primeira reunião era estudar as providências necessárias para a urgente instalação de um hospital provisório, já que havia ameaça de epidemia de cólera. Na mesma reunião, decidiram apelar ao presidente da província, no sentido de obter recursos. A comissão começou a coleta de fundos entre a população, notadamente entre comerciantes e donos de embarcações. Com os recursos, o mordomo foi autorizado a adquirir os utensílios indispensáveis.
Em março de 1856, a comissão alugou um depósito pertencente a Francisco Fernandes Martins, situado na ponta do bairro Magalhães. As ruínas ainda podem ser vistas, ao lado do Colégio Stella Maris. Para administrar a casa, devendo nela residir, foi contratado Alexandre José Mendes.
O prédio já era velho, quando o hospital foi instalado, tendo ali funcionado durante 16 anos, procurando a sua administração mantê-lo com higiene e conforto, apesar da falta de recursos para manutenção. Tinha capacidade para dez doentes de cada sexo e, em casos excepcionais, 15. O público-alvo era os marinheiros não residentes em Laguna, os escravos e os pobres. Em 1858, houve uma epidemia de varíola e o pequeno e improvisado hospital ficou superlotado.
A sua primeira equipe era formada pelo médico Antônio Fernando da Costa, enfermeiros Joaquim de Souza Freitas e Luiza Maria de Moraes e pelo cozinheiro Luiz Cláudio. Havendo Antônio partido para a capital, assumiu o cargo o cirurgião do batalhão de infantaria, João Fortunado José da Silva, aquartelado em Laguna, que viria a ser demitido logo a seguir.
Em 1868, como medida de economia, a diretoria, comandada pelo provedor tenente-coronel Joaquim José Pinto d’Ulysséa, resolveu dispensar o cozinheiro, já que o movimento era pequeno e a escrava outrora doada ao hospital podia desempenhar o trabalho, apesar da idade avançada. Neste momento, a direção decidiu aceitar os serviços gratuitos do Dr. Francisco José Luiz Viana. Em 1870, o médico desentendeu-se com o grupo e deixou de prestar atendimento.
Por alguns meses, tratou dos doentes Dr. Joaquim dos Remédios Monteiro. Em março de 1871, mudou-se para a Corte e, não havendo outro que lhe substituísse e também pela falta de recursos, o hospital foi fechado pela primeira vez. Em meados de 1872, o hospital foi reaberto. Em 1874, importante fonte de recursos foi retirada da instituição, quando o governo extinguiu a cobrança das taxas sobre marinheiros e sobre a tonelagem dos navios, que revertiam em favor do hospital.
Em 1875, foram assistidos pelo estabelecimento 52 doentes, dos quais sete faleceram, 32 tiveram alta e três ausentaram-se. Há um ano, o governo não pagava a subvenção anual de dois contos de réis. Sem recursos e considerando que havia apenas dois doentes internados, a comissão resolveu fechar o hospital novamente, em 15 de junho de 1877.
Em agosto do mesmo ano, melhoradas as condições financeiras, o grupo tornou a abri-lo. Foi convidado a tratar dos doentes o farmacêutico Manoel Gonçalves da Costa Barreiros, já que o médico existente na cidade (Dr. Viana) recusava-se a ali prestar atendimento. Decorridos alguns meses, o médico Aristides Cajueiro de Campos veio residir na cidade, passando a atender no hospital.
A comissão já vinha há tempos estudando uma maneira de construir um hospital novo, já que a casa em que estava instalado era pequena e velha. Como já possuía terreno em local favorável, começou, com muita disposição, campanha de arrecadação de recursos para iniciar a obra. A Irmandade Senhor Bom Jesus dos Passos, a qual pertenciam quase todos os membros da diretoria, teve papel decisivo nesta iniciativa.
